美國重返亞太戰略的确立與推進，已深入影響南海争端，為中國的南海主權與海洋權益帶來新的挑戰。不論是南海相關聲索方式還是域外勢力（美國加上日本、澳大利亞與印度），總體上是一個不利中國南海海洋權益維護的陣營。海峽兩岸在南海問題上的合作就顯得尤為重要。特别是海峽兩岸對中國南海“曆史性水域”的曆史事實與法律上的認定（U型斷續線），為海峽兩岸南海合作、共同維護南海主權與海洋權益創造了條件。在當前海峽兩岸海洋合作或南海合作讨論熱潮中，就海峽兩岸南海合作的原則、策略、方式與步驟，提出幾點概況性的設想。

海峽兩岸南海合作必須有兩個戰略服從：一是必須服從國家的大戰略與對外戰略；二是必須服從中央對台政策與兩岸關系和平發展戰略。在樣的戰略認知下，兩岸南海合作總的指導原則應包括如下五點：一是共同維持中華民族南海海洋權益的“共識原則”（堅持中華民族南海的“曆史性水域”與U型斷續線的法理原則）。二是南海海洋權益的“利益共享原則”，即兩岸共共同享有包括南海主權的政治利益與南海海洋權益的經濟利益。三是兩岸共同提出與認同的在“主權屬我”的前提下的“擱置争議、共同開發”的“開放合作原則”，即這一原則不隻适用海峽兩岸，而且适用于南海相關聲索方。四是堅持國際法的法治原則，均認同在認同“曆史性水域”法理基礎上以1982年聯合國公布的《聯合國海洋國際公約》作為處理南海主權、專屬經濟區等認定的法理依據。五是循序漸進、由低到高、由易到難的穩步“推進原則”。總體上講，就是要遵守“擱置争議，共同開發；相互支持，循序漸進；權益共有，利益共享”的原則。

海峽兩岸南海合作的策略與方式，需要從實際出發，靈活處理。有四種方式與策略可供選擇與推進。一是最佳方式：兩岸有共同意願，展開南海戰略合作，主要是共同維持中國南海海洋權益，共同維護中華民族的利益。由于兩岸政治對立，政治互信不足，在可預見的将來，這種合作的可行性不高。二是較佳方式：兩岸單方面繼續堅持南海U型線或段續線（“九段線”與“十一段線”的曆史與國際法依據，通過“默契”方式，間接維護中華民族南海海洋權益，準許民間有限的“次戰略性”合作。三是次佳方式：兩岸在南海問題上沒有戰略性合作，但可以有官方允許的局部性、技術性合作，如海洋資源保護與合作開發、氣象環境合作、南海合作救助、漁業合作等。四是最次方式：即兩岸民間最底層次的簡單合作，如在南海問題上的學術研究合作、共同維持南海權益的兩岸學者的國際輿論合作、民間自行的有限的漁業等合作。

兩岸南海合作雖然有必要性與可行性，也面臨困難與挑戰。但由于海峽兩岸南海合作的意義重大，對海峽兩岸都非常重要，因此海峽兩岸還是盡最大的努力，全力推動，争取最大的可能。為推進兩南海合作，可遵循以下步驟：第一階段：可以說是初期階段。具體做法包括：一是輿論先行。兩岸學者、媒體等不斷制造兩岸南海合作的社會輿論，宣傳兩岸合作的好處與意義，形成一股社會力量與壓力。二是研究先行。海峽兩岸要進行南海合作，需要進行多種研究（包括可行性研究）與理論探讨，創造條件。有關兩岸海洋合作包括南海合作的研究越來越多，論文越來越多，成果越來越多，研讨會越來越多。而且兩岸研究機構已進行有限的合作研究。這将為未來兩岸南海合作創造良好的理論基礎。三是交流先行。兩岸就南海合作問題不僅要進行研究與讨論，還需要雙方的廣泛開展交流活動，相互了解對方的主張與立場，建立信任，尋求共識。四是民間先行。現階段兩岸官方進行南海合作可能性不大，但民間有意願，可率先啟動與進行。民間先行可以是民間研究機構、民間企業的接觸與合作。

第二階段是有效推進與實質合作階段，主要是兩岸南海合作的機制建立，包括：将兩岸南海合作納入兩岸協商機制，展開讨論、協商，尋求合作；簽署兩岸南海合作框架協議；在兩會框架下建立兩岸南海合作委員會與專業委員會；設立兩岸南海合作研究基礎與開發基金。第三階段，是在條件成熟或政治關系改善後，可推進海峽兩岸南海戰略性合作，即共同維護中國（中華民族）的南海主權與南海海洋權益。

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