2013年1月19日下午，中國南海研究院北京分院在京成立。來自外交部、中央外辦、中央台辦、國家發改委、國家海洋局等部門領導，以及中國社科院、軍事科學院、國防大學、北京大學、清華大學、南京大學、外交學院、中國政法大學、中國海洋石油總公司等科研院所和涉海企業的專家、學者以及新華社、《人民日報》、《求是》、《參考消息》、《紐約時報》、鳳凰衛視、《朝日新聞》等海内外新聞媒體記者近百人出席會議。

外交部黨委書記、副部長張志軍在講話中勉勵研究院從國内國際兩個大局出發，不斷探索南海研究工作的新路子，大力開展涉南海問題“二軌”外交，加強與國外智庫和學術機構的交流與對話，增進我國與有關國家的互信與合作，為維護南海和平穩定進一步發揮智力支撐作用。

中央外辦副主任裘援平在講話中指出，中國南海研究院積極配合中國涉南海外交工作，在南海曆史和法理研究、學術交流、開展“二軌”外交與公共外交等領域做出了重要貢獻。她希望研究院百尺竿頭、更進一步，在新的起點上取得新的更大成績。

我院院長吳士存在講話中表示，伴随着南海問題日漸升溫，圍繞南海問題的國際話語權争奪日趨激烈。我院在北京設立分支機構，旨在更直接、更便捷地聆聽中央的聲音，接受國家有關部門的政策和業務指導，争奪南海問題國際話語權；同時也是我院優化發展布局、強化學術資源網絡建設的重要舉措，有助于推動研究院更好、更快地發展。

會上吳士存院長還就當前南海形勢及發展走向等問題闡述了見解。